PCR (pētījums) - pielietojums. Kāda ir PCR tehnika?

PCR ir tests, kas izmantots daudzu slimību diagnostikā. PĶR metode ļauj parādīt tiešu baktēriju klātbūtni organismā un jo īpaši tā DNS. Cita starpā tiek izmantota PCR pārbaude Laima slimības diagnostikā. Kāda ir PCR tehnika? Kas ir reālā laika PCR?

Satura rādītājs:

1. PCR (testēšana) - kāda ir PCR tehnika?
2. PCR (pētījums) - PCR metodes pielietošana
3. PCR (pētījumi) - Laima slimība
4. PCR (pētījums) - rezultāti. Vai tie var būt kļūdaini pozitīvi?
5. PCR (pētījums) - rezultāti. Vai tie var būt kļūdaini negatīvi

PCR (polimerāzes ķēdes reakcija) ir pamata metode, ko izmanto ģenētiskajās un molekulārajās laboratorijās. To 1983. gadā izstrādāja Kara Mullisa, kurai par to 1993. gadā tika piešķirta Nobela prēmija.

Uzziniet, kas ir PCR testēšanas paņēmiens. Šis ir materiāls no LABĀK KLAUSĪŠANĀS cikla. Podcast apraides ar padomiem.

Lai skatītu šo videoklipu, lūdzu, iespējojiet JavaScript un apsveriet jaunināšanu uz tīmekļa pārlūkprogrammu, kas atbalsta video

PCR (testēšana) - kāda ir PCR tehnika?

PCR testēšana sastāv no specifiska DNS fragmenta, piemēram, gēnu, kas kodē Borrelia olbaltumvielas, vairākkārtējas amplifikācijas (parasti 30-40 ciklos), izmantojot polimerāzes enzīmu.

Tad, lai padarītu redzamu pastiprināto DNS fragmentu, tiek izmantotas īpašas molekulārās krāsas. PCR specifisku DNS fragmentu amplifikācijas dēļ ir īpaši jutīga metode.

PCR metodē DNS fragmenti tiek pastiprināti ar specifiskiem grunts pāriem konkrētam baktērijas DNS reģionam. Piemēram, Laima slimības diagnostikā izmantotie PCR mērķa reģioni ir gēni, kas kodē olbaltumvielas, piem. 16S rDNS, recA, fla, p66, OspA.

Bioloģiskais materiāls, no kura var veikt testu, ir:

• asinis
• ādas daļa no migrējošās eritēmas
• smadzeņu-mugurkaula šķidrums
• sinoviālā šķidruma vai no locītavu skrimšļiem
• urīns

PCR (pētījums) - PCR metodes pielietošana

Papildus Laima boreliozes diagnostikai, izmantojot PCR metodi, ir iespējams noteikt citu mikroorganismu vai cilvēku specifiskus DNS fragmentus. Tāpēc PCR metodi izmanto arī:

• vīrusu infekciju diagnostika un uzraudzība: herpes vīrusi (herpes vīruss, herpes zoster, Epšteina-Barra, citomegalovīruss), HIV, hepatīta vīrusi (HBV un HCV)
• bakteriālu infekciju diagnostika un uzraudzība, īpaši tās baktērijas, kuras nevar identificēt ar kultūru, piemēram, tuberkuloze
• neoplastisko slimību diagnostika un uzraudzība: leikēmija, krūts vēzis, kolorektālais vēzis, plaušu vēzis
• vēža noslieces diagnoze: krūts un olnīcu vēzis (gēni BRCA1 un BRCA2), kolorektālais vēzis (APC un CHEK2 gēni)
• ģenētisko slimību diagnostika: hemohromatoze (HFE gēns), talasēmija (HBA1 un HBA2 gēni), celiakija (HLA gēni)
• paternitātes testi, kas nosaka bērna un tēva saderību ar DNS

Lasiet arī: Laimas slimības testi - kā tie izskatās un kāda ir Laima slimības testu Western Blot testa un Laima slimības cena. Testa rezultātu interpretācija Ērču pārnēsātās slimības: borelioze, babezioze, bartoneloze, TBE un citas.

Pašlaik PCR metodei ir daudz modifikāciju. Piemēram, Laima boreliozes diagnostikā galvenokārt izmanto ligzdoto PĶR un reāllaika PĶR. Pēdējā ir kvantitatīva metode un ļauj noteikt precīzu Borrelia DNS kopiju skaitu pārbaudītajā bioloģiskajā materiālā.

PCR (pētījumi) un Laima slimība

Seroloģiskie testi ir pamats Laimas slimības diagnosticēšanai. Tomēr ir klīniskas situācijas, kuru dēļ šie testi var būt kļūdaini negatīvi:

• seroloģiskais logs, t.i., sākotnējais infekcijas periods, kurā organisms vēl nerada specifiskas IgM un IgG antivielas pret Borrelia spirochetes
• cilvēkiem ar imūndeficītu, kas neražo pietiekami daudz antivielu
• imūnkompleksu klātbūtne, kas sastāv no borēlijas antigēniem un specifiskām to antivielām, un novērš antivielu noteikšanu ar seroloģiskām metodēm

Ja pacientam ir aizdomas par Laimas slimības simptomiem un seroloģisko testu rezultāti ir negatīvi, var veikt molekulāro testēšanu, pamatojoties uz PCR metodi.

Borrelia spirochetes DNS var noteikt infekcijas sākuma stadijā, jo tad spirohetu skaits ķermeņa šķidrumos ir vislielākais.

Laima boreliozes diagnostikā galvenokārt tiek izmantotas tādas seroloģiskās metodes kā ELISA, taču dažās klīniskās situācijās noder ģenētiskie testi, izmantojot PCR metodi.

Jo ilgāks laiks ir no infekcijas, jo mazāka ir iespējamība atklāt baktēriju DNS. Tāpēc dažos gadījumos pirms PCR testa veikšanas baktērijas 1-2 nedēļas tiek audzētas īpašos barotnēs un pēc tam tiek veikts tests.

Šo pieeju izmanto, ja ir aizdomas par Laimas slimību un novākto cerebrospinālo šķidrumu. Infekcijas vēlīnā fāzē ir piemērotāk veikt ELISA testu.

PCR metodi nevajadzētu izmantot Laimas boreliozes ikdienas diagnostikā, jo nav standartizācijas attiecībā uz Borrelia burgdorferi šķirņu sastopamību Polijā.

Tomēr diagnozes grūtību gadījumā (īpaši slimības sākuma stadijā) PCR testa rezultāts palīdz diagnostikas procesā.

Pozitīvs testa rezultāts nozīmē, ka pārbaudītajā materiālā tika atklāta Borrelia burgdorferi DNS un tās šķirņu klātbūtne, taču tas nepaskaidro, vai organismā notiek aktīva infekcija. No otras puses, negatīvs rezultāts neizslēdz baktēriju klātbūtni organismā.

Dažas laboratorijas piedāvā pārbaudīt Borrelia DNS klātbūtni ērcē. Tomēr šādas pārbaudes rezultāts nav pamats Laima slimības diagnosticēšanai sakosts cilvēks.

Ieteicamais raksts:

ELISA tests - ko tas atklāj? Kā lasīt rezultātus? Testa cena

PCR - rezultāti. Vai tie var būt kļūdaini pozitīvi?

PCR ir īpaši jutīga metode un tajā pašā laikā ļoti jutīga pret piesārņojumu. Tāpēc testos, kuru pamatā ir PCR, ir ļoti svarīgi izvēlēties piemērotu iekšējo kontroli, lai izslēgtu viltus pozitīvus rezultātus.

Galvenais ir arī pareiza materiāla savākšana testēšanai, kā arī diagnostikas speciālista pieredze un uzticamība, veicot testu.

PCR - rezultāti. Vai tie var būt kļūdaini negatīvi

Tāpat kā jebkurā laboratorijas testā, arī PCR metodē, var parādīties kļūdaini negatīvi rezultāti. Šeit ir svarīgi savākt asinis atbilstošam antikoagulantam, jo ​​daži no tiem, piemēram, heparīns, var kavēt PCR reakciju.

Arī materiāla savākšana pēc antibiotiku terapijas uzsākšanas var izraisīt PCR reakcijas efektivitātes samazināšanos un lielāku viltus negatīvu rezultātu iespējamību.

Jāatceras arī tas, ka Borrelia baktērijas asinīs un ķermeņa šķidrumos dzīvo ļoti īsu laiku, jo, pateicoties īpašiem receptoriem, tās ļoti ātri iekļūst "grūti sasniedzamās" ķermeņa vietās.

Tāpēc, atšķirībā no citu mikroorganismu diagnostikas, Borrelia spirohetu skaits bioloģiskajā materiālā ir mazs, dažreiz pat pie PCR metodes noteikšanas robežas. Tas var izraisīt arī nepatiesu negatīvu.

Ieteicamais raksts:

Limfocītu transformācijas tests (LTT)

Literatūra

1. Dunaj J. et al. PCR metodes nozīme Laima boreliozes diagnostikā. Pārlūkot Epidemiols. 2013. gads, 67., 119. – 123.
2. Ērču pārnēsātu slimību laboratoriskā diagnostika Darba grupas ieteikumi: Nacionālā laboratorijas diagnostikas kamera, Nacionālais sabiedrības veselības institūts - Nacionālais higiēnas institūts, Nacionālais konsultants infekcijas slimību jomā, Bjalistokas Medicīnas universitātes Infektoloģijas un neiroinfekcijas departaments, Polijas Viroloģijas biedrība, Varšava 2014.
3. Ružić-Sabljić E. un Cerar T. Laima slimības molekulārās diagnostikas progress. Eksperts Rev Mol Diagn. 2017. gada janvāris; 17 (1): 19-30.
4. Valones M.A.A. et al. Polimerāzes ķēdes reakcijas principi un pielietojums medicīniskās diagnostikas jomās: pārskats. Braz J Microbiol. 2009. gada janvāris-marts; 40 (1): 1-11.

Par autoru

Karolīna Karabina, MD, PhD, molekulārā biologe, laboratorijas diagnostika, Cambridge Diagnostics Polska. Bioloģe ar specializāciju mikrobioloģijā un laboratorijas diagnostika ar vairāk nekā 10 gadu pieredzi laboratorijas darbā. Molekulārās medicīnas koledžas absolvents un Polijas Cilvēka ģenētikas biedrības loceklis.Varšavas Medicīnas universitātes Hematoloģijas, onkoloģijas un iekšējo slimību departamenta Molekulārās diagnostikas laboratorijas pētījumu stipendiju vadītājs. Varšavas Medicīnas universitātes 1. Medicīnas fakultātē viņa aizstāvēja medicīnas zinātņu doktora grādu medicīnas bioloģijā. Daudzu zinātnisko un populārzinātnisko darbu autors laboratorijas diagnostikas, molekulārās bioloģijas un uztura jomā. Ikdienā viņš kā speciālists laboratorijas diagnostikas jomā vada Kembridžas diagnostikas polska materiālo nodaļu un sadarbojas ar diētas ārstu komandu CD Diētas klīnikā. Viņš dalās praktiskajās zināšanās par slimību diagnostiku un diētas terapiju ar speciālistiem konferencēs, apmācībās, žurnālos un vietnēs. Viņu īpaši interesē mūsdienu dzīvesveida ietekme uz ķermeņa molekulārajiem procesiem.