Otrdiena, 2014. gada 8. jūlijs. Pētnieku komanda no Vall d'Hebron Institut de Recerca (VHIR) ir piedalījusies starptautiskā izmeklēšanā, kas cilvēka mikrobiotā (zarnu florā) ir identificējusi 518 jaunas, līdz šim pilnībā nezināmas mikrobaktērijas.
Pētījums, kurā zinātnieki ir izmantojuši jaunu pieeju bioinformātiskai analīzei, ir arī paplašinājis zināmo mikrobu gēnu katalogu no 3 līdz 10 miljoniem.
Šī pētījuma rezultāti, ko svētdien publicēja žurnāls Nature Biotechnology, ir daļa no Eiropas MetaHIT projekta (Metagenomics cilvēka zarnu trakts), kam piešķirti 11, 4 miljoni eiro, lai izpētītu, kā cilvēka mikrobioms ir saistīts ar veselību un slimībām . Vall d'Hebron Institut de Recerca (VHIR) ir viens no 13 šajā projektā iesaistītajiem - un vienīgais Spānijas centrs - Dr Francisco Guarner vadībā, kurš paskaidroja, ka ne visiem pētītajiem paraugiem ir šāds nezināmo sugu skaits.
Dažu indivīdu zarnu floras paraugos ir ļoti maz no šīm sugām, un, sīki analizējot, ir redzams, ka tie ir pacienti ar Krona slimību. "Tas liek domāt, ka šīs sugas, līdz šim nezināmas, iespējams, ir tās, kas atšķir veselīgu cilvēku un slimnieku mikrobiotu, " paziņoja Gvarners.
Pēc pētnieka domām, šie dati atver stratēģijas, lai mēģinātu atgūt šīs sugas ar uztura iejaukšanos: šķiedru ievadīšana, prebiotikas, kas palīdz selektīvi audzēt dažas sugas, vai probiotikas.
Šīs nezināmās baktērijas, iespējams, ir tā dēvētās "labās baktērijas", jo tās nav tipiskās, kas izraisa infekciju, kā arī nav zināmas vai izolētas iepriekš. Pēc Gārnera teiktā, atklātās baktērijas nevar izolēt, jo "gandrīz noteikti tās nevarētu izdzīvot ārpus resnās zarnas, lai tās pārstādītu".
Par darbu atbildīgā persona un VHIR fizioloģijas un gremošanas patofizioloģijas grupas pētnieks ir norādījis, ka atklātās jaunās sugas "nav kultivējamas, ir ļoti jutīgas pret skābekli, tas ir, tās ir ļoti stingri anaerobi un rada lielu atkarību no savas vides, lai spētu izdzīvot. " "Tā paša iemesla dēļ, apmeklējot datu bāzes, mēs neatradām pēdas un līdz šim neko par tām nezinājām, " sacīja Gārners.
Atklāšana bija iespējama, pateicoties jaunai pieejai bioinformātiskajā analīzē, kas ļāva šīm sugām "virsotnē".
"Pašlaik - pēc Gārnera teiktā - tikai 10% no secētā ģenētiskā materiāla ir zināmi ar 95% ticamību. Tas atstāj milzīgu pelēko zonu, pie kuras šobrīd tiek strādāts."
Pētījums ir atklājis 741 dažādas metagenomiskas sugas, kas nosauktas par neiespējamību tām piešķirt vārdu. Pretstatot datu bāzēm, pētnieki ir redzējuši, ka 115 no šīm sugām jau bija zināmas, bet 518 nav zināmas; atlikušie 108 ir daļēji zināmi.
"Tagad mēs zinām, kā izskatās šo metagenomisko sugu genoms, bet ne to vārdus un uzvārdus, " skaidroja Gārners.
Ir mazs skaits, kuru sugas nav zināmas, bet to dzimums vai ģimene, pie kuras tie pieder, un apmēram 200 aprakstīto metagenomisko sugu nekādā veidā nevar klasificēt, jo vairāk nekā 80% viņu gēnu nav pilnīgi zināmi šodien
Pēc zinātnieku domām, cilvēkos dzīvojošie mikroorganismi ir apmēram 100 miljardi, kas ir 10 reizes vairāk nekā kopējais cilvēka šūnu skaits.
Sākotnējie šī paša projekta rezultāti 2010. gadā norādīja uz 3 300 000 dažādu gēnu, kas tulkoti 20 000 dažādās funkcijās, no kurām 5000 līdz šim nebija pilnībā zināmas.
Katram cilvēkam ir apmēram 600 000 šo mikrobu gēnu, un 300 000 tiek pastāvīgi atkārtoti starp visiem indivīdiem. "Šajā jaunajā pētījumā to skaits tiek reizināts ar trim un ir sasniegti 9 879 896 dažādi gēni, " sacīja Gārners.
Avots:
Tags:
Glosārijs Dzimums Izrakstīšanās
Pētījums, kurā zinātnieki ir izmantojuši jaunu pieeju bioinformātiskai analīzei, ir arī paplašinājis zināmo mikrobu gēnu katalogu no 3 līdz 10 miljoniem.
Šī pētījuma rezultāti, ko svētdien publicēja žurnāls Nature Biotechnology, ir daļa no Eiropas MetaHIT projekta (Metagenomics cilvēka zarnu trakts), kam piešķirti 11, 4 miljoni eiro, lai izpētītu, kā cilvēka mikrobioms ir saistīts ar veselību un slimībām . Vall d'Hebron Institut de Recerca (VHIR) ir viens no 13 šajā projektā iesaistītajiem - un vienīgais Spānijas centrs - Dr Francisco Guarner vadībā, kurš paskaidroja, ka ne visiem pētītajiem paraugiem ir šāds nezināmo sugu skaits.
Dažu indivīdu zarnu floras paraugos ir ļoti maz no šīm sugām, un, sīki analizējot, ir redzams, ka tie ir pacienti ar Krona slimību. "Tas liek domāt, ka šīs sugas, līdz šim nezināmas, iespējams, ir tās, kas atšķir veselīgu cilvēku un slimnieku mikrobiotu, " paziņoja Gvarners.
"Labās baktērijas"
Pēc pētnieka domām, šie dati atver stratēģijas, lai mēģinātu atgūt šīs sugas ar uztura iejaukšanos: šķiedru ievadīšana, prebiotikas, kas palīdz selektīvi audzēt dažas sugas, vai probiotikas.
Šīs nezināmās baktērijas, iespējams, ir tā dēvētās "labās baktērijas", jo tās nav tipiskās, kas izraisa infekciju, kā arī nav zināmas vai izolētas iepriekš. Pēc Gārnera teiktā, atklātās baktērijas nevar izolēt, jo "gandrīz noteikti tās nevarētu izdzīvot ārpus resnās zarnas, lai tās pārstādītu".
Par darbu atbildīgā persona un VHIR fizioloģijas un gremošanas patofizioloģijas grupas pētnieks ir norādījis, ka atklātās jaunās sugas "nav kultivējamas, ir ļoti jutīgas pret skābekli, tas ir, tās ir ļoti stingri anaerobi un rada lielu atkarību no savas vides, lai spētu izdzīvot. " "Tā paša iemesla dēļ, apmeklējot datu bāzes, mēs neatradām pēdas un līdz šim neko par tām nezinājām, " sacīja Gārners.
Dažādas metagenomiskas sugas
Atklāšana bija iespējama, pateicoties jaunai pieejai bioinformātiskajā analīzē, kas ļāva šīm sugām "virsotnē".
"Pašlaik - pēc Gārnera teiktā - tikai 10% no secētā ģenētiskā materiāla ir zināmi ar 95% ticamību. Tas atstāj milzīgu pelēko zonu, pie kuras šobrīd tiek strādāts."
Pētījums ir atklājis 741 dažādas metagenomiskas sugas, kas nosauktas par neiespējamību tām piešķirt vārdu. Pretstatot datu bāzēm, pētnieki ir redzējuši, ka 115 no šīm sugām jau bija zināmas, bet 518 nav zināmas; atlikušie 108 ir daļēji zināmi.
"Tagad mēs zinām, kā izskatās šo metagenomisko sugu genoms, bet ne to vārdus un uzvārdus, " skaidroja Gārners.
Ir mazs skaits, kuru sugas nav zināmas, bet to dzimums vai ģimene, pie kuras tie pieder, un apmēram 200 aprakstīto metagenomisko sugu nekādā veidā nevar klasificēt, jo vairāk nekā 80% viņu gēnu nav pilnīgi zināmi šodien
Personai ir 600 000 mikrobu gēnu
Pēc zinātnieku domām, cilvēkos dzīvojošie mikroorganismi ir apmēram 100 miljardi, kas ir 10 reizes vairāk nekā kopējais cilvēka šūnu skaits.
Sākotnējie šī paša projekta rezultāti 2010. gadā norādīja uz 3 300 000 dažādu gēnu, kas tulkoti 20 000 dažādās funkcijās, no kurām 5000 līdz šim nebija pilnībā zināmas.
Katram cilvēkam ir apmēram 600 000 šo mikrobu gēnu, un 300 000 tiek pastāvīgi atkārtoti starp visiem indivīdiem. "Šajā jaunajā pētījumā to skaits tiek reizināts ar trim un ir sasniegti 9 879 896 dažādi gēni, " sacīja Gārners.
Avots:
